Três dias depois de ter sido anunciado que já não eram suspeitos, Gonçalo Amaral—ex-coordenador de investigação da PJ que deixou a investigação McCann em Outubro de 2007 e se reformou em Junho de 2008 — publicou um livro sobre o caso que teorizava que Kate e Gerry encobriram o que realmente aconteceu à sua filha, bem como lançaram mais luz sobre as acções do seu departamento durante a investigação.
O casal processou Amaral por difamação em 2009, iniciando um processo que durou anos: foram a tribunal em 2014 e, em abril de 2015, um juiz de Lisboa concedeu aos McCann mais de 500 mil dólares em indemnização – dinheiro que alegaram que iria diretamente para a Fundação Madeleine, que tem ajudado a financiar esforços de busca desde 2009. 2007 – e proibiu novas vendas do livro. A verdade da mentira. No entanto, argumentando que o livro era o relato de uma investigação policial amplamente registrada, Amaral ganhou o caso no ano seguinte, abrindo caminho para que seu livro fosse vendido novamente.
Os McCann recorreram para o Supremo Tribunal português, mas recusaram a decisão em 2017. Consideraram a decisão “extremamente decepcionante”, mas disseram que tudo o que realmente queriam era que as autoridades britânicas e portuguesas fizessem tudo o que pudessem para encontrar a sua filha.
